Tag 742 – Fauler Sonntag und Erklärung. 

Wir haben heute den ganzen Tag quasi nix gemacht, war auch mal schön. (Echt sehr, vor allem hatte ich mal wieder ein bisschen Zeit mit Michel alleine, das passiert selten und ist… wunderbar. Was er mit einem Mal alles so erzählt! Zum Beispiel, dass er Pippis Geschrei nicht gut haben kann, weil er dann nichts machen kann, sich aber verantwortlich fühlt. Er ist ja der große Bruder. Das nervt dann. Das löste bei mir so eine Mischung aus Ach! und Oh je! aus, die ich ihm hoffentlich verständlich gemacht habe. Dass es nämlich natürlich nicht seine Verantwortung ist, Pippi zu beruhigen und dass es uns auch nervt, wenn sie krank ist und nur brüllt und getragen werden will. Aber wir können da ja auch nichts machen, nur uns aufteilen und einer ist für Michel da, einer lässt sich anbrüllen.)

Aber das wollte ich gar nicht erzählen. Gestern stolperte ich bei meinen Recherchen zum komischen Western Blot* über einen kürzlich veröffentlichten Artikel zu einem Protein, über das ich *hust* grad ziemlich viel weiß, weil ich *hust* ja auch daran herumforsche und *hust, hust* grade erst viel Zeug darüber gelesen und geschrieben habe. Das Protein macht bestimmte Arten von DNA-Veränderungen rückgängig, nämlich Methylierungen an bestimmten Positionen an bestimmten Basen (Aas et al. 2003, Falnes et al. 2002, und so weiter und so fort). Einer der reparierten Schäden ist Methylierung an der N3-Position von Cytosin (3meC). Diese Base würde, wenn sie unrepariert bliebe, mutagen wirken. Das Enzym von dem wir hier reden, macht die Methylierung einfach** ab, dann ist da wieder ein normales C und alle sind happy. Die Fieschergruppe, die den gestern von mir entdeckten Artikel geschrieben hat, hat nun herausgefunden, dass das Gen für das Enzym, das 3meC repariert, bei manchen Brustkrebspatientinnen*** vom Tumor still gelegt wird, durch epigenetische Promoter-Methylierung an der C5-Position von Cytosin. Solche Methylierungen sitzen am Anfang eines Gens und machen, dass das Gen nicht mehr abgelesen werden kann, das heißt, es wird kein Protein mehr nach diesem Gen hergestellt. Die Zelle hat also kein Enzym mehr, das 3meC repariert, also sammelt sich 3meC im Genom an und wirk,t ja genau, mutagen. Krebszellen mutieren die ganze Zeit, weil bei denen viele solcher Reperaturmechanismen völlig aus den Fugen geraten, entweder werden die abgestellt oder einzelne Teile total hochgefahren, sodass sich (mutagene) Zwischenprodukte ansammeln und, ach, also am Ende hat man halt Krebs, ne? Die Arschlochkrankheit, die öfter als nicht gegen Therapien resistent wird, weil sie eben dauernd mutiert. Entsprechend fand die Gruppe mit dem Artikel auch, dass eine starke Promotermethylierung für dieses Reperaturenzym mit einer schlechten Prognose einhergeht. So weit, so gut. 

Und dann kam der Punkt, an dem ich herzlichst lachen musste. Nämlich der Punkt, an dem sie 3meC in Zellen „quantifiziert“ haben. Per… Immunfluoreszenz.

Exkurs: Immunfluoreszenz. Man hat Zellen, hier Krebszellen, die züchtet man direkt auf nem Objektträger. Dann fixiert man die da drauf, dann sind sie sozusagen wie eingefroren, die einzelnen Bestandteile sind alle noch da, wo sie sein sollen, sehen auch (mehr oder minder) auf molekularer Ebene noch normal aus, aber bewegen sich nicht mehr. So sind die Zellen auch einigermaßen haltbar. Dann kann man einzelne Bestandteile der Zellen anfärben, dazu nimmt man erst einen Antikörper, der genau das**** erkennt, was man sehen will, also zum Beispiel ein einzelnes Protein. Oder 3meC. Der Antikörper kann dann wiederum mit einem anderen Antikörper, der fluoreszenzmarkiert ist, sichtbar gemacht werden. Man hat dann also *Ding, was ich sehen will*-Antikörper1-Antikörper2-Fluoreszenztag. Die Markierung kann dann mit einem speziellen Mikroskop mit allerlei Lasern und Filtern und Tralala sichtbar gemacht werden. In der Zelle. Und wenn man das geschickt kombiniert, kann man durchaus mehrere Dinge gleichzeitig anfärben, also zum Beispiel zwei Proteine, die vermutlich interagieren, und vielleicht noch ein Compartment*****, in dem sie das vermutlich tun. Dann beleuchtet man eine Zelle – die gleiche! – mit verschiedenen Wellenlängen und schaut durch die verschiedenen Filter und kann dann sehen, ob die Proteine immer an derselben Stelle sind, oder immer da sind, wo das Compartment ist. Klingt easy, kann manch einer aber auch nach neun Monaten völlig verkacken. 

Ja, da konnte ich nicht mehr. Denn, was auch immer die da gesehen haben, es war nicht 3meC. Oder nicht nur. 

Denn es ist so: ich habe *alle* verschissenen  Antikörper gegen 3meC, die man kaufen kann, in meinem Gefrierfach. Und sie funktionieren alle nicht. Die Firmen behaupten das zwar, aber: die sind alle nicht spezifisch. Die erkennen nämlich alle auch – hauptsächlich! – 5meC. Ich nehme an, dass die das mit reinen Basen testen, und dann einen Dot-Blot machen: also einmal nur 5meC und einmal nur 3meC auf eine Membran tropfen und dann mit dem Antikörper drüberwaschen, um zu gucken, welche von den Spezies erkannt wird. Und auf diesen Blots ist dann alles hübsch, es wird nur 3meC erkannt, Hurra, schreib 400 USD pro 10 Mikrogramm dran. In echt, im Genom, in einer Zelle, sieht der Kontext aber natürlich ganz anders aus. 3meC zum Beispiel ist unfassbar selten. Selbst wenn die Krebszellen dann, sagen wir mal, das Zehnfache ansammeln, ist es immernoch total selten. 5meC ist total häufig. Wir reden hier über einen Unterschied von hundert- bis tausendmal so viel 5meC, wie 3meC******. Schon allein deshalb ist es nicht plausibel, dass deren Zellen bei 3meC-Detektierung so dermaßen doll leuchten. Außerdem ist 3meC etwas „versteckt“ in der DNA-Struktur, während 5meC eher prominent außen dran sitzt. Das alles macht einen Riesenunterschied, wenn man komplette, klein geheckselte Genome auf den angeblich 3meC-spezifischen Antikörper haut. So wie ich das gemacht habe. Ich bekam *nur* 5meC. 3meC war nicht detektierbar, so wenig war das. Und das mehrmals. Das was da also leuchtet, das ist 5meC. Vielleicht auch ein minibisschen 3meC. Aber das meiste, sorry, ist 5meC. Weshalb der Vergleich mit den unteren Bildern, wo 5meC zu sehen sein soll, auch sinnlos ist, weil, naja, also 5meC ist auch da, wo 5meC ist, na so eine Überraschung aber auch. 

Aber die lustigen Menschen mit dem Artikel, die glauben das echt. Niedlich.*******

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*Membran mit Proteinen drauf. Es fing an mit Southern Blot – Membran mit DNA drauf, benannt nach Herrn Southern, dem Erfinder. Dann war wer voll witzig und nannte seine Membran mit RNA drauf „Northern Blot“ und dann ist das alles etwas eskaliert. KEIN WITZ.

**natürlich ist es nicht so einfach, aber den Vortrag dazu geb ich mir für die Defense auf. 

***generisches Femininum, und ja, ich weiß, dass auch Männer Brustkrebs bekommen können. 

**** genau das, nur das, aber das bitte auch immer. Das kommt einem Lottogewinn gleich, wenn man so einen Antikörper auf Anhieb findet. 

*****Zellteil, Organell, Manchmal auch nur kleine Minibubbels oder so. Ich gucke nach minibubbels. 

******seriöse Leute wie wir *hust* messen sowas per quantitativer Massenspektrometrie. Und nach drölfzig Messungen kann man die groben Zahlen dann auch auswendig. 

*******Nur: was mache ich jetzt? Das Journal anrufen und in den Hörer lachen? Den corresponding Author anrufen und ihm anbieten, 3meC in seinen Proben zu quantifizieren (also das würde dann wohl nicht ich machen, sondern die Core Facility, aber die freut sich auch über das Geld)? Nüx? 

2 Gedanken zu “Tag 742 – Fauler Sonntag und Erklärung. 

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